En mi opinión, en principio por moverlos no debe haber problema salvo que sean de especies que los peguen o cosas asi para que el opérculo esté en una posición concreta (ej.
Asceles glaber, Trachythorax maculicollis, etc.). En esos casos si que es importante la posición del huevo para que a la hora de la eclosión la ninfa pueda tenerlo más fácil. Es más, lo de separarlos está bien porque si en alguno aparece moho será más difícil que se lo pegue a los demás rápidamente.
En cuanto a si se pierde la humedad al abrir, por supuesto, pero depende mucho de la humedad que haya en el ambiente donde vivas. Si en casa tienes un 70% de humedad relativa pues por abrir un momento no va a haber casi descenso de humedad en la incubadora; si por el contrario tienes 40 o 50% (como es mi caso normálmente) pues si que baja drásticamente y luego cuesta más volver a subirla al 70-80%. Ya cada uno tiene que buscarse las mañas para controlarlo en su caso particular.
No se van a morir por estar un tiempo corto con menos humedad de la que requieren, pero si esto se prolonga durante semanas o meses...pues si, acaban secándose.
Otra cosa importante que supongo que habrás tenido en cuenta pero por si acaso alguien no lo ha hecho lo comento...los huevos necesitan "respirar" con lo cual siempre ha de haber ventilación en las incubadoras. Si los incubas en un sitio cerrado herméticamente y no lo abres cada poco tiempo para renovar el aire al final los embriones morirán, además de que en esas condiciones es mucho más fácil que se de condensación y proliferen hongos. Yo tengo el recipiente de incubación tapado con malla de mosquitera y a la vez dentro de una urna grande de cristal (con sus zonas de ventilación) con un cacharro con agua y un cable calefactor en el agua para mantener 25ºC y 80% de humedad y todo transparente, así solo abro para sacar las ninfas que nacen y meterlas en su sitio.
Saludos