Sin duda la neutra con fungicida, ya que evitas la aparición de moho debido a la humedad, por eso se usa siempre en sellados en cuartos de baño. Además, es compatible con casi todos los tipos de materiales y se seca más despacio, así te da tiempo a trastear un poco si alguna junta te ha quedado mal o si te queda alguna burbujita de aire.
La ácida es de secado mucho más rápido, pero tiene ciertas incompatibilidades con algunos materiales (como el butilo) y huele bastante más fuerte.
En cuanto al tiempo de secado tienes que mirar las especificaciones del fabricante. Yo soy de los que dejan que se sequen mucho mucho tiempo
(más de 24 horas) antes de introducir ningún animal o insecto, ya que aunque aparentemente está seca mucho antes y al tacto exterior no mancha, interiormente sigue secandose y desprendiendo vapores tóxicos.